無特殊情況下，清洗北京全自動頂空進(jìn)樣器主要用純水、甲醇或無水乙醇等沖洗或超聲清洗，污染嚴(yán)重可用棉簽輕輕擦拭，不可用力過度，避免破壞內(nèi)表面產(chǎn)生活性點(diǎn)，然后放置到烘箱70度烘干后干燥冷卻密封存放即可。
北京全自動頂空進(jìn)樣器清洗步驟如下：
1、北京全自動頂空進(jìn)樣器設(shè)置傳送帶溫度為60℃，設(shè)置樣品定量管和傳送管溫度為Off。
2、一旦樣品定量管和傳送管溫度冷卻到低于60℃，關(guān)閉通往頂空進(jìn)樣器的氣體，拆下出口端的放空管線。
3、在傳送帶中插入一個空的樣品瓶。
4、用手提起北京全自動頂空進(jìn)樣器樣品瓶。
5、北京全自動頂空進(jìn)樣器用一次性注射器抽取約6ml的純凈水注射進(jìn)HSS放空管。
6、降低樣品瓶然后取出來。重復(fù)步驟3到5（注射兩到三次將清洗*）。
7、再設(shè)置一個空樣品瓶并提起，然后使用一次性注射器注射足夠的空氣將水吹掃出來。
8、將傳送管一端插入一個燒杯或類似容器中，并使用一次性注射器從HSS氣體管出口注入約10ml水，然后注入約10ml甲醇。
9、北京全自動頂空進(jìn)樣器使用一次性注射器注射足夠的空氣以吹掃出水。
10、重新安裝好北京全自動頂空進(jìn)樣器管線并打開氣流。然后，切換樣品瓶到Load-INJ反復(fù)幾十次以將水和甲醇全部吹出樣品閥和管線。

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北京全自動頂空進(jìn)樣器清洗步驟